Группа была основана в 1985 году канадским гитаристом-виртоузом Джеффом Уотерсом (Jeff Waters). После первоначальных проблем с набором состава и записи нескольких демо-версий группа выпускает в 1989 году свой дебютный альбом Alice in Hell. Альбом встречен критикой очень тепло, группа становится открытием в стиле трэш-метал. Состав, в котором был записан альбом, следующий: Джефф Уотерс – гитара, Рэнди Рэмпейдж (Randy Ramrage) – вокал, Уэйн Дарли (Wayne Darley) – бас и Рэй Хартман (Ray Hartman) – ударные.
Надо сказать, что характерной чертой Annihilator была постоянная чехарда с составами, вызванная чрезмерно властным характером Уотерса. Сейчас он сам признается в том, что был этаким диктатором в группе, и неудивительно, что остальные музыканты были недовольны и покидали группу. Так, на записи следующего альбома, Never Neverland (1990), у группы был уже другой вокалист, Кобурн Фарр. Альбом приобретает еще больший успех, отчасти благодаря вокальным достоинствам Фарра. Однако с третьим альбомом группу ждал провал. Уотерс (а композитором и продюсером всех альбомов был, разумеется, он) задумал сделать альбом в более мягком ключе, с более коммерческим звучанием. В результате поклонники трэша альбом Set The World On Fire (1993) забраковали, а для любителей групп в духе Бон Джови он оказался все же слишком тяжелым.
В какой-то момент Уотерс решает, что музыкантов в группе слишком много, и альбом King Of The Kill (1995) записывает вдвоем с ударником Рэнди Блэком, а Refresh The Demon (1996) – вообще практически в одиночку. Такая ситуация продолжается до конца 90-х годов. При этом, по мнению критиков, качество материала на последующих альбомах снижается, чувствуется острый дефицит новых музыкальных идей.
В конце концов, к счастью, это понял и сам Уотерс, и реорганизовал группу в полноценный коллектив в следующем составе: Рэнди Рэмпейдж – вокал, Джефф Уотерс – гитара, Рэй Хартман – ударные, Дэйв Дэвис (Dave Davis) – гитара, Рассел Бергквист (Russell Bergquist) – бас. Записанный ими в 1999 году альбом Creteria For Black Widow звучит очень свежо (особенно по сравнению с предыдущими альбомами), и можно с уверенностью сказать, что отход от «единовластия» пошел группе на пользу. Рэмпейджа, правда, вскоре пришлось выгнать за пьяный дебош, а его место занял бывший гитарист Overkill Джо Комо (Joe Comeau), пребывающий в группе по сей день. Уотерс очень доволен этим приобретением, отмечая редкую пластичность голоса Джо, его способность подражать голосам всех предыдущих вокалистов Annihilator. Последние два альбома группы – Carnival Diablos (2001) и Waking The Fury ознаменовали возвращение к трэшу 80-х, в духе ранних Metallica и Megadeth. Судя по всему, группа находится в хорошей творческой кондиции и будет дальше радовать своих поклонников.